La loi n° 82-610 du 15 juillet 1982 et le décret n° 83-204 du 15 mars 1983, modifiés, ont autorisé la création de Groupements d'Intérêt Public (GIP) Recherche, tel que CYCERON, afin que des personnes morales de droit public et éventuellement de droit privé puissent exercer ensemble des activités de recherche ou mettre en commun des moyens et/ou des équipements nécessaires à la réalisation de travaux de recherche. Pour ce faire, parmi les personnes morales membres du groupement, une au moins d'entre elles doit être un établissement public et la majorité des droits statutaires doit être détenue par le secteur public. CYCERON est, quant à lui, placé sous la tutelle des grands organismes nationaux de recherche, deux établissements publics à caractère scientifique et technologique : le CNRS et l'INSERM, et un établissement public à caractère industriel et commercial : le CEA. Les autres partenaires du GIP sont l'Université et le CHU de Caen, le GANIL, le centre de lutte contre le cancer François Baclesse et la Région Basse-Normandie. Par ailleurs, dans le cadre d'une convention avec l'Agence Régionale d'Hospitalisation de Basse-Normandie, CYCERON met également ses installations au service de la recherche sur les applications de la TEP en cancérologie.

La création d'un GIP se matérialise par une convention passée entre les différentes personnes morales membres du groupement. Celle-ci doit être approuvée par l'autorité administrative qui en assure la publicité. Cette convention détermine les modalités de participation des membres et les conditions dans lesquelles ils sont tenus responsables des dettes du groupement. Elle fixe, par ailleurs, la dénomination du GIP, son objet, sa durée, les modalités de son organisation et de son fonctionnement, tant au niveau administratif que financier et, en tant que de besoin, les droits et obligations du GIP en matière de propriété industrielle. Elle peut également prévoir la création d'un Conseil Scientifique au sein du groupement.

La convention constitutive de CYCERON, et ses avenants, ont fixé la création de celui-ci au 29 octobre 1985 pour une durée de 25 ans, et déterminer, notamment, les points suivants:

Les décisions fondamentales concernant le GIP sont prises par l'Assemblée Générale. Celle-ci est constituée par les membres du GIP. Elle se réunit au moins une fois par an, et plus si nécessaire. Elle choisit les membres du Conseil d'Administration, instance chargée d'administrer CYCERON.

CYCERON est soumis au contrôle de la Cour des Comptes, et un contrôleur d'Etat est nommé auprès du GIP. Par ailleurs un Commissaire du Gouvernement est chargé de vérifier que les décisions prises par l'Assemblée Générale sont en accord avec la réglementation en vigueur.